按照中共重庆市委办公厅 重庆市人民政府办公厅《关于印发〈重庆市生态环境局职能配置、内设机构和人员编制规定〉的通知》（渝委办发〔2018〕72号），重庆市生态环境局是重庆市人民政府组成部门，其主要职责是：
一、负责贯彻执行国家生态环境基本制度。负责贯彻执行生态环境法律法规、规章、标准和方针政策，起草生态环境地方性法规、政府规章草案，根据职责和授权拟订有关法规的实施细则和规范性文件，组织拟订地方生态环境标准和技术规范。会同有关部门拟订生态环境政策、规划并组织实施。会同有关部门编制并监督实施重点区域、流域、饮用水水源地生态环境规划和水功能区划。
二、负责重大生态环境问题的统筹协调和监督管理。建立健全突发生态环境事件的应急预警机制。牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调区县（自治县）政府对较大及以上突发生态环境事件的应急、预警工作。牵头指导和实施生态环境损害赔偿制度，协调解决有关跨区域的环境污染纠纷。统筹协调重点区域、流域生态环境保护工作。
三、负责监督管理减排目标的落实。监督实施各类污染物排放总量控制、排污许可证制度，组织确定水、大气等纳污能力，监督检查污染物减排任务完成情况，实施生态环境保护目标责任制。
四、负责提出生态环境领域固定资产投资规模和方向、财政性资金安排的意见，配合有关部门做好组织实施和监督工作。
五、负责环境污染防治的监督管理。拟订水、大气、土壤、固体废物、化学品、机动车、噪声、光、恶臭等污染防治管理制度并监督实施。会同有关部门监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，负责流域水环境保护，监督防止地下水污染。负责入河排污口的设置管理。组织指导城乡生态环境综合整治工作，监督指导农业面源污染治理工作。监督指导区域大气环境保护工作，组织实施区域大气污染联防联控协作机制。
六、指导协调和监督生态保护修复工作。组织编制生态保护规划，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。组织拟订各类自然保护地生态环境监管制度并监督执法。监督野生动植物保护、湿地生态环境保护、荒漠化防治等工作。指导协调和监督农村生态环境保护工作。监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）工作，组织协调生物多样性保护工作。参与生态保护补偿工作。
七、负责核与辐射安全的监督管理。牵头负责核安全工作协调机制有关工作。监督管理核安全和放射源安全，监督管理电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。组织开展核与辐射环境监测工作。负责辐射环境事故应急处理，参与核事故应急处理。
八、负责生态环境准入的监督管理。受市政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价，按规定审批或审查重大开发建设区域、规划、项目环境影响评价文件，组织实施生态环境准入清单。
九、负责生态环境监测工作。拟订生态环境监测制度、规范和相关标准并监督实施。组织建设和管理生态环境监测网、生态环境信息网，会同有关部门统一规划生态环境质量监测站点设置。组织实施生态环境质量监测、污染源监督性监测、温室气体减排监测、应急监测。组织开展生态环境质量状况调查评价、预测预警。建立和实行生态环境质量公告制度，统一发布生态环境质量状况和重大生态环境信息。
十、负责应对气候变化工作。贯彻执行应对气候变化及温室气体减排重大战略、规划和政策，承担国家履行联合国气候变化框架公约在我市的相关工作，组织开展应对气候变化国际交流与合作。
十一、组织开展生态环境保护督察。负责建立健全生态环境保护督察制度，对接中央生态环境保护督察有关工作，组织协调市级生态环境保护督察工作，根据授权对区县（自治县）、有关部门贯彻落实生态环境保护决策部署情况进行督察问责。
十二、负责生态环境监督执法。组织开展生态环境保护执法检查活动，查处重大生态环境违法问题，以及跨区域、跨流域的生态环境违法问题，具体执法交由相关执法队伍承担，并以部门名义统一执法，指导区县（自治县）生态环境保护执法工作。
十三、负责开展生态环境科技工作。组织开展生态环境科学研究和技术工程示范，推动生态环境技术管理体系建设。参与指导推动循环经济和生态环保产业发展。
十四、组织开展生态环境宣传教育与国际合作工作。制定并组织实施生态环境保护宣传教育纲要，推动社会组织和公众参与生态环境保护。组织开展生态环境国际合作交流，组织协调有关生态环境国际条约在我市的履约工作。
十五、承担重庆市生态环境委员会的日常工作。
十六、负责机关、直属单位和主管的社会组织党建工作。
十七、完成市委、市政府交办的其他任务。
十八、职能转变。重庆市生态环境局要统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责，切实履行监管责任，全面落实水、大气、土壤污染防治行动计划。构建政府为主导、企业为主体、社会组织和公众共同参与的生态环境治理体系，实行最严格的生态环境保护制度，严守生态保护红线和环境质量底线，坚决打好污染防治攻坚战，保障生态安全，建设山清水秀美丽之地。
